یونان دینداری را در حوزه عمومی تأیید می‌کند و از یک «مذهب غالب» رسمی (یعنی مطابق ماده ۳ قانون اساسی، ارتدکس یونانی) برخوردار است. در این فضا، اسلام نیز به رسمیت شناخته می‌شود و نهادهای اجرایی اقلیت مسلمان (مثلاً، دفاتر مفتی‌ها) تاکنون در تراکیه و به میزان کمتر در جزایر دودکانس از شأنیت نهادهای حقوقی عمومی برخوردارند. دولت سه مفتی را به‌عنوان رؤسای دفاتر مفتیان مربوطه در کوموتینی، اکثانتی و دیدیموتیخو که همگی در تراکیه هستند، منصوب می‌کند.

شیوه انتخاب مفتی‌ها در اواخر دهه ۱۹۸۰ اهمیت سیاسی کلیدی پیدا کرد؛ وقتی هر دو مفتی کوموتینی و اکثانتی درگذشتند و می­بایست جایگزین می‌شدند، یونان و ترکیه کوشیدند کنترل فرایند انتخاب را به دست گیرند. یونان قانون مربوطه را اصلاح نمود تا مفتی لزوماً منصوب شود، درحالی‌که سیاست خارجی ترکیه از دیدگاه انتخاب حمایت کرد. دادگاه‌های جزایی مفتی‌های منتخب کوموتینی و اکثانتی را به‌سبب غصب مقام مذهبی محکوم کردند. پرونده‌های آنان به دادگاه حقوق بشر اروپا برای نقض آزادی مذهبی راه یافت.[۱] از آن به بعد، دو مفتی که یکی از آنها به‌عنوان قاضی نیز فعالیت می‌کند، منصوب می‌شود و یکی توسط رأی‌دهندگان محدود انتخاب می‌گردد که به‌صورت موازی در کوموتینی و اکثانتی فعالیت می‌کنند. این امر تضادهای یونان و ترکیه درباره ساختارهای سازمانی اقلیت را نشان می‌دهد. امتناع دولت‌های یونان و ترکیه از عادی‌سازی مبحث انتخاب یا انتصاب مفتی، تنش پیرامون مسأله اقلیت در این منطقه را تشدید کرد.

در سال ۲۰۱۸، سن بازنشستگی مفتی‌ها ۶۷ سالگی تعیین شد. درنتیجه، باید مفتی‌های اکثانتی و کوموتینی بازنشسته و جایگزین می‌شدند. بنابراین، یک سنت طولانی‌مدت که براساس آن مفتی‌ها هیچ محدودیت سنی نداشتند شکسته شد. لذا، در هر سه دفتر مفتی­گری، مفتی‌های موقت جدید منصوب شده‌اند.

به‌گفته وزیر آموزش، تحقیق و ادیان، شیوه جدیدی برای انتخاب تعیین خواهد شد که هنوز بلاتکلیف است. بحث برسر شیوه انتخاب آزادانه‌تر یا اجتماع‌گرایانه بار دیگر با قطع‌نامه ۲۲۵۳ سال ۲۰۱۹ مصوب مجمع پارلمانی شورای اروپا مطرح شد که از یونان می‌خواست به اقلیت مسلمان اجازه دهد مفتی‌های خود را آزادانه به‌عنوان رهبران صرفاً مذهبی (بدون اختیارات قضایی) ازطریق انتخابات برگزینند.[۲]